Κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής οφείλει να συγγράψει ΔΕ στο 3^ο εξάμηνο των σπουδών του σε θέμα συναφές με το αντικείμενο του ΠΜΣ και κατά προτίμηση σχετικό με την κατεύθυνση που έχει επιλέξει. Προς τούτο διαμορφώνεται κατάλογος σχετικών θεμάτων. Συγκεκριμένα, η ΓΣΕΣ, μετά από πρόταση των μελών ΔΕΠ που συνεργάζονται με το ΠΜΣ ή άλλων μελών του Τμήματος, καταρτίζει το αργότερο μέχρι τον Μάιο κατάλογο θεμάτων για εκπόνηση ΔΕ ο οποίος γνωστοποιείται στους φοιτητές. Μετά την οριστικοποίηση αυτού του καταλόγου δεν προστίθενται νέα θέματα (για το τρέχον ακαδημαϊκό έτος). Κάθε φοιτητής επικοινωνεί με τα μέλη ΔΕΠ που έχουν προτείνει τα θέματα και μετά από κοινή συμφωνία ζητείται η έγκριση από τη ΓΣΕΣ της ανάληψης του θέματος, του επιβλέποντος, και της τριμελούς εξεταστικής επιτροπής (ΤΕΕ) σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις. Η αίτηση για ανάληψη θέματος γίνεται από τον ενδιαφερόμενο φοιτητή στη Γραμματεία του ΠΜΣ το αργότερο μέχρι τον Ιούλιο. Με απόφαση της ΓΣΕΣ δύναται να οριστεί γλώσσα συγγραφής της ΔΕ διαφορετική της Ελληνικής.

Η εξέταση της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας του φοιτητή γίνεται από την TEE, στην οποία συμμετέχουν ο επιβλέπων και δύο (2) άλλα μέλη ΔΕΠ ή Ε.Π. ή ερευνητές των βαθμίδων Α΄, Β΄ ή Γ΄, οι οποίοι είναι κάτοχοι διδακτορικού διπλώματος. Τα μέλη της επιτροπής πρέπει να έχουν την ίδια ή συναφή επιστημονική ειδικότητα με το γνωστικό αντικείμενο του ΠΜΣ.

Ο φοιτητής επεξεργάζεται το θέμα και το παρουσιάζει σε ανοικτό σεμινάριο, ενώπιον της ΤΕΕ. Η ΤΕΕ βαθμολογεί τη ΔΕ στην κλίμακα 0 έως 10 (ελάχιστος βαθμός επιτυχίας ορίζεται το 5) και υπογράφει γραπτή βεβαίωση με την οποία ο φοιτητής θεωρείται ότι έχει ολοκληρώσει την υποχρέωση της ΔΕ. Περαιτέρω προϋπόθεση για την απονομή του ΜΔΕ είναι η δακτυλογράφηση της ΔΕ, σύμφωνα με γενικές οδηγίες που έχουν εγκριθεί από τη ΓΣΕΣ. Υπεύθυνος για διαδικαστικά θέματα σχετικά με τη σύγκλιση της ΤΕΕ και την παρουσίαση της ΔΕ είναι ο αντίστοιχος επιβλέπων. Ο φοιτητής καταθέτει τη ΔΕ σε ηλεκτρονική μορφή στη Γραμματεία του ΠΜΣ καθώς επίσης και στην κεντρική βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Πειραιώς ώστε να τοποθετηθεί στην αντίστοιχη ιστοσελίδα διπλωματικών εργασιών.